Nous développons et utilisons des outils bioinformatiques pour des projets d’analyses génomiques. Les principaux projets sont liés à l’annotation des génomes, l’identification des long non-coding RNAs (lncRNAs), la génomique comparative, l’analyse de données NGS, l’étude la sélection directionnelle et l’évolution des canidés.
Nous proposons des programmes bioinformatiques et des serveurs web tels que:
- FEELnc : un programme pour annoter et classifier les lncRNAs [1]
- Autograph : un serveur web dédié à la génomique comparative [2]
- DoG_CNV : une base de données de variants de type Copy Number Variations [3]
- une étude des loci canins qui contrôlent les traits phénotypiques communs ou spécifiques aux races de chiens [4]
Lien détaillé : BIOINFORMATICS CANINE GENOMICS & GENETICS PROJECT
References :
[1] Wucher, V. et al. FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome. Nucleic Acids Res gkw1306 (2017). doi:10.1093/nar/gkw1306
[2] Derrien, T., André, C., Galibert, F. & Hitte, C. AutoGRAPH: an interactive web server for automating and visualizing comparative genome maps. Bioinformatics 23, 498–499 (2007).
[3] Berglund, J. et al. Novel origins of copy number variation in the dog genome. Genome Biol 13, R73 (2012).
[4] Vaysse, A. et al. Identification of genomic regions associated with phenotypic variation between dog breeds using selection mapping. PLoS Genet 7, e1002316 (2011).
